Para la fase de diagnóstico, la estructura orgánica del PEHU fue la siguiente:
En la fase de planificación estratégica la nueva gobernanza del PEHU fue la siguiente:
Para las funciones de secretaría y asistencia técnica de la Comisión General, asistirán a las mismas, con voz pero sin voto, representantes de la Oficina Técnica del Plan Estratégico de la Provincia de Huelva creada al efecto.
En la fase de evaluación y seguimiento, la gobernanza del PEHU, seguirá estando formada por la Comisión General, que ha pasado a estar formada por:
